1.- Simplicidad y rapidez: El tiempo de realización del diagnóstico va a depender en gran medida del método empleado en la extracción de ADN a partir de las muestras clínicas. En los casos más sencillos, el resultado final del diagnóstico de varias muestras clínicas puede obtenerse al cabo de las 3 a 6 horas tras su recepción en el laboratorio, sin la necesidad de aislamiento previo del agente.
2.- Especificidad: La especificidad de la reacción de PCR está condicionada por el carácter restrictivo del fragmento de ADN a amplificar entre las estirpes de una misma especie, entre las especies de un mismo género y entre un grupo de microorganismos filogenéticamente relacionados (Woo et al., 2008).
3.- Sensibilidad: Una de las ventajas de la PCR es que tanto la cantidad como la calidad del ADN a amplificar, no necesitan ser muy altas. El ADN extraído a partir de una única célula, puede ser suficiente para una buena reacción de amplificación.
4.- Alternativas a la detección tradicional: desde el punto de vista del diagnóstico, la distinción entre microorganismos muertos y vivos puede ser de especial importancia en el control de algunas enfermedades infecciosas.
5.- Los ensayos moleculares, son altamente específicos debido a que detectan la secuencia genética única del patógeno buscado. Incluso se pueden distinguir variedades de patógenos de la misma especie.
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